مرگ کورش در سال سی‌ام سلطنت او در حدود سال ۵۲۹ پیش از میلاد اتفاق افتاده‌است. روایات مختلفی دربارهٔ مرگ کوروش وجود دارد.

هرودت می‌نویسد، راجع به در گذشت کوروش روایات مختلف است اما من شرحی را که بیشتر در نظرم معتبر می‌نماید نقل می‌کنم. کوروش در آخرین نبرد خود به قصد سرکوب قوم ماساگت(ماساژت) قومی از سکاها که با حمله به نواحی مرزی ایران به قتل و غارت می‌پرداختند، به سمت شمال شرقی کشور حرکت کرد، میان مرز ایران و سرزمین سکاها رودخانه‌ای بود که لشگریان کوروش باید از آن عبور می‌کردند. هنگامی که کوروش به این رودخانه رسید، تهم رییش (تومیریس) ملکهٔ سکاها به او پیغام داد که برای جنگ دو راه پیش رو دارد یا از رودخانه عبور کند و در سرزمین سکاها به نبرد بپردازند و یا اجازه دهند که لشگریان سکا از رود عبور کرده و در خاک ایران به جنگ بپردازند. کوروش این دو پیشنهاد را با سرداران خود در میان گذاشت. بیشتر سرداران ایرانی، جنگ در خاک ایران را برگزیدند، اما کرزوس امپراتور سابق لیدیه و دایی مادر کوروش که تا پایان عمر، به عنوان یک مشاور به کوروش وفادار ماند، جنگ در سرزمین سکاها را پیشنهاد کرد. کوروش نظر کرزوس را پذیرفت و از رودخانه عبور کرد. نخست عده‌ای از جنگاوران ماساگت‌ها به رهبری سپارگاپیس فرزند ملکه، به دسته‌ای از سربازان لشکر کوروش که از بقیه جدا افتاده‌بودند، حمله کرده و همه را به خاک هلاکت انداختند. بعد از آن پیروزی آنها بر سفرهٔ طعام بازمانده از لشکر کوروش نشسته و با اشتیاق فراوان انقدر خوردند و نوشیدند که مست و بیهوش شدند. پارسیان در این هنگام وقت را غنیمت شمرده بر سر آنها ریختند و سپارگاپیس را اسیر کردند. سپارگاپیس وقتی به هوش آمد و خود را اسیر دید، از کوروش استدعا کرد که غل و زنجیر از او بردارند. کوروش این تقاضا را اجابت کرد. وقتی دستان او آزاد شد، از شدت ننگ و عار خود را درجا کشت. بعد از جنگی بین دو سپاه درگرفت که از جهات شدت و خشونت در میان سایر اقوام سابقه نداشت و عاقبت ماساگت‌ها غلبه کردند و خود کوروش نیز کشته‌شد.^[۳۶]

بروسوس (مورخ کلدانی) در ۲۸۰ پیش از میلاد آورده‌است که کوروش در جنگ با طوائف داهه (دها، یکی از عشایر سکایی) کشته شده‌است. از قول کتزیاس پزشک دربار هخامنشی آمده‌است که کوروش در اثر جراحاتی که در جنگ با دربیک‌ها (به انگلیسی: Derbike) به او وارد آمده‌بود، کشته شده‌است. آنها فیل‌هایشان را رها کردند، اسب کوروش رم کرده و کوروش بر زمین افتاد. یکی از سربازان هندی که با دربیک‌ها متحد بودند، زوبینی به ران او انداخته‌است و کوروش را به خیمه‌اش بردند و او در اثر این زخم بعد از سه روز درگذشته‌است. ^[۳۷]

اینکه هر سه قوم یاد شده، در بالا از طوایف سکاها بوده‌اند، نشان می‌دهد که آخرین جنگ‌های کوروش با طوایف سکاها بوده‌است اما بعید به نظر می‌رسد که وی در این جنگ‌ها کشته شده‌باشد. مخصوصاً در روایت هرودت بسیار بعید می‌رسد که باقیماندهٔ سپاه شکست خورده توانسته باشند، جسد بدون سر او را برای دفن به پاسارگاد بیاورند.^[۳۸] بر طبق روایت‌های گزنفون و استرابون این جنگ‌ها به کشته شدن کوروش منجر نشده‌است و وی به مرگ طبیعی وفات یافته‌است. در هر حال راجع به پایان کارش، هیچ روایتی را از روی قطع بر روایت دیگر، نمی‌توان ترجیح داد.^[۳۹]

استرابون جغرافیدان معروف می‌نویسد، سنگی بر آرامگاه بود که بر روی آن نوشته شده‌بود

ای رهگذر! من کوروش پسر کمبوجیه هستم. من شاهنشاهی پارس را بنیاد گذاشتم و فرمانروای آسیا بودم. بر این گور رشک مبر.